Trần Huỳnh Duy Thức sinh ngày 29 tháng 11 năm 1966, tại Sài Gòn. Năm 1990, ông tốt nghiệp khoa Công nghệ thông tin trường Đại học Bách khoa Thành phố Hồ Chí Minh. Đầu năm 1993, Trần Huỳnh Duy Thức mở một cửa hàng vi tính nhỏ. Chỉ một vài tháng sau, cửa hàng của ông đã có thể tự lắp ráp những chiếc máy vi tính cá nhân đầu tiên. Dù nhỏ, nhưng cửa hàng không chấp nhận làm giảm giá trị thương hiệu EIS của riêng mình, từ chối chạy theo trào lưu bằng một nhãn hiệu nước ngoài giả, cho dù khi đó thị trường Việt Nam vừa được mở cửa rất ưa chuộng hàng ngoại nhập.

Năm 1994, ông cùng ông Lê Thăng Long thành lập Công ty tin học Duy Việt tại Hà Nội. Từ năm 1998 trở đi, Internet chính thức được sử dụng ở Việt Nam, tạo nên một nhu cầu truy cập Internet bùng nổ. Tuy nhiên, thời điểm đó các nhà cung cấp dịch vụ Internet (ISP) vẫn còn sử dụng công nghệ truy cập analog qua đường điện thoại nên dung lượng và tốc độ truy cập rất hạn chế, không đáp ứng được cho nhu cầu đang tăng rất nhanh. Nhận thấy lỗ hổng trên, công ty Duy Việt đã giới thiệu vào thị trường công nghệ truy cập digital mới nhất vào lúc đó, cho phép mở rộng nhanh dung lượng lẫn tốc độ truy cập nhiều lần so với công nghệ analog cũ. Nhờ vậy Duy Việt thắng thầu nhiều dự án mở rộng hạ tầng Internet trước các hãng lớn nước ngoài, tạo nên một hiện tượng mới lạ.

Năm 2000, công ty TNHH Tin học Duy Việt chuyển đổi thành công ty cổ phần Công nghệ thông tin EIS (EIS, Inc.) với sứ mệnh: "Tiến công mạnh mẽ vào thị trường CNTT quốc tế, chuyển tri thức Việt Nam thành những giá trị cao trong nền kinh tế tri thức thế giới." 2 năm sau, với 3 công ty con gồm One-Connection Singapore, One-Connection USA và One-Connection Vietnam có mặt ở San Jose (California, Mỹ), Thành phố Hồ Chí Minh (Việt Nam) và Singapore.[2][3]

Là một doanh nhân thành đạt tại Việt Nam, ông cũng nổi bật với các ý kiến phê bình những rào cản từ phía các cơ quan quản lý viễn thông đối với sự phát triển của ngành công nghệ cao này.[4] Vì vậy, ngay tại quê nhà, One-Connection Việt Nam không được nghênh đón.[5] Tháng 3 năm 2009, sở Thông tin - Truyền thông Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định buộc One-Connection Việt Nam ngừng cung cấp dịch vụ phone - to - phone và xử phạt hành chính, tịch thu các máy móc thiết bị vì dịch vụ này chưa được Bộ Thông tin và Truyền thông cho phép.[6] Không chấp nhận quyết định trên, One-Connection Việt Nam khiếu nại lên bộ Thông tin - Truyền thông. Chủ Nhật, ngày 24 tháng 5 năm 2009, Trần Huỳnh Duy Thức bất ngờ bị bắt với thông tin ban đầu là trộm cước viễn thông. Tuy nhiên, một thời gian ngắn sau cả Lê Công Định, Lê Thăng Long đều lần lượt bị bắt và cùng với ông bị chính quyền cáo buộc tội "lật đổ chính quyền".[7] Trong khi đó, cơ quan chức năng đã không tìm ra bất kỳ bằng chứng nào chứng minh cho cáo buộc trộm cước viễn thông đối với Trần Huỳnh Duy Thức sau hàng tháng lục tìm hệ thống thiết bị và sổ sách công ty. Sau đó vụ việc được chuyển thành khởi tố "kinh doanh trái phép". Theo sau việc bắt bớ, One-Connection Việt Nam và EIS, Inc. bị thanh tra thuế toàn bộ quá trình hoạt động trong những năm qua của 2 công ty trong 3 tháng liên tiếp với lý do liên quan đến "xâm phạm an ninh quốc gia." Tuy nhiên, cơ quan điều tra đã không tìm được bằng chứng cáo buộc các công ty này trốn thuế. Không lâu sau đó, One-Connection Việt Nam bị rút giấy phép, và dự án mở rộng của EIS, Inc. ra Đà Nẵng để làm trung tâm hỗ trợ khách hàng toàn cầu không được cấp phép.